日本維吾爾協會（Japan Uyghur Association，又稱日本ウイグル協会）是一個總部位於日本東京的海外維吾爾人組織，旨在倡導維吾爾族的權益，並提升大眾對中國新疆維吾爾自治區人權狀況的關注。
該協會是日本維吾爾社群的主要代表機構，也是世界維吾爾代表大會（World Uyghur Congress）的成員組織。透過與世維會的合作，日本維吾爾協會參與各項國際倡議活動，並與全球各地的海外維吾爾組織進行協調。
該組織的活動包括舉辦公眾意識宣導活動、參與學術會議、向國際人權機構提交報告，以及與日本政府官員和國會議員進行交流。協會致力於向日本大眾普及維吾爾族的文化、歷史，以及目前影響中國維吾爾人的政治局勢。
日本境內擁有一個規模雖小但活躍的維吾爾僑民社群，該協會同時作為社群成員的文化與社交中心。組織透過舉辦文化活動、語言保存計畫及社群聚會，協助居住在日本的僑民維繫維吾爾文化認同。
該協會積極與日本媒體及公民社會組織互動，以提高大眾對新疆地區大規模拘留、監控及文化壓迫等報導的關注。協會曾與其他人權組織共同發表聲明，並在審議新疆局勢的日本國會委員會中提供證詞。
透過這些倡議工作，日本維吾爾協會成功提升了日本社會對維吾爾議題的關注，不僅有助於相關政策討論，也鼓勵日本更積極地參與處理新疆局勢的國際人權機制。