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東トルキスタン独立運動は、中国の新疆ウイグル自治区における多くのウイグル人やその他のテュルク系民族による、1世紀にわたる多面的な政治的・民族主義的願望を象徴するものである。この運動の支持者は、東トルキスタンまたはウイグルスタンと呼ばれる独立国家の樹立を目指している。

独立への動きは地域の歴史に深く根ざしており、地域の自治と中国中央政府による統制との間で繰り返される緊張関係を特徴としている。清朝の崩壊後、地域の不安定化に乗じて一時的な独立の主張がなされた。1933年にはカシュガルで汎テュルク主義とイスラムの理想に触発された東トルキスタン共和国が樹立されたが、1年以内に中国の地方軍によって鎮圧された。

第2次東トルキスタン共和国は、1944年のイリ事変の際にソ連の秘密裏の支援を受けて新疆北部（イリ地方）で結成された。この共和国は、1949年に中国人民解放軍が同地域を制圧し、新たに成立した中華人民共和国の一部として新疆ウイグル自治区に統合したことで消滅した。

1949年以降、独立運動は様々な形で存続してきた。支持者たちはこの闘争を、自己決定権、文化の存続、そして人権のためのものと位置づけている。この運動は、中国国内での真の自治を求める声から完全な独立を要求するものまで、幅広い政治的立場を包含している。世界ウイグル会議など、この運動に関連する在外組織の大部分は、平和的、非暴力的、かつ民主的なアプローチを明確に提唱している。

中国政府は、この独立運動を分離主義的な脅威と位置づけ、しばしばテロリズムや宗教的過激主義と結びつけている。この枠組みは新疆における中国の安全保障政策の核心要素となっており、広範な監視、拘束、再教育プログラムを正当化するために利用され、国際的な批判を広く浴びている。国際的な監視団体は、ウイグル人の権利を求める平和的な擁護活動と過激派グループの活動を区別することの重要性を指摘しており、両者を混同することは正当な人権議論を損なうリスクがあると警告している。